Shinichi Kudou, seorang siswa SMA yang memiliki bakat luar biasa dalam bidang detektif, terkenal karena telah memecahkan beberapa kasus yang rumit. Suatu hari, ketika Shinichi melihat dua pria mencurigakan dan memutuskan untuk mengikutinya, ia tanpa sengaja menjadi saksi atas suatu kegiatan ilegal yang mengerikan. Sayangnya, ia tertangkap basah, sehingga kedua pria itu memberinya obat eksperimental yang diformulasikan oleh organisasi kriminal mereka, dan meninggalkannya dalam keadaan sekarat. Namun, dengan penuh keheranan, Shinichi selamat dan hidup kembali, namun kini dalam tubuh seorang anak berusia tujuh tahun.
Dengan kecerdasan aslinya yang tetap utuh, ia menyembunyikan identitas aslinya dari semua orang, termasuk sahabat masa kecilnya, Ran Mouri, dan ayahnya, detektif swasta Kogorou Mouri. Untuk itu, ia menggunakan nama samaran Conan Edogawa, terinspirasi dari penulis misteri Arthur Conan Doyle dan Ranpo Edogawa.
Shinichi, sebagai Conan, mulai secara diam-diam memecahkan kasus-kasus yang ditangani Mouri senior dari balik layar dengan kemampuan detektifnya yang masih luar biasa, sambil secara rahasia menyelidiki organisasi yang bertanggung jawab atas kondisinya saat ini, dengan harapan suatu hari nanti dapat membalikkan efek obat tersebut. Case Closed
